12 января 1570 года опричное войско под командованием Ивана IV вступило в Новгород.
В декабре 1569 года, подозревая новгородскую знать в соучастии в «заговоре» недавно убитого по его приказу князя Владимира Андреевича Старицкого и одновременно в намерении передаться польскому королю Сигизмунду II Августу, Иван Грозный в сопровождении большого войска опричников выступил против Новгорода.
Поводом к этому послужил донос, поданный неким бродягой, волынцем Петром, за что-то наказанным в Новгороде, и обвинявший новгородцев во главе с архиепископом Пименом в намерении посадить на престол князя Владимира Старицкого и передать Новгород и Псков польскому королю. В. Б. Кобрин считает, что «донос был откровенно нелеп и противоречив», так как новгородцам приписывались два несовместимых стремления.
Двинувшись на Новгород осенью 1569 года, опричники устроили массовые убийства и грабежи в Твери, Клину, Торжке и других встречных городах (было убито 1505 человек, в основном — сидевшие по темницам литовские и татарские пленники, а также выселенные из своих домов псковичи и новгородцы, застигнутые опричниками по дороге в Москву). В Тверском Отрочем монастыре в декабре 1569 Малюта Скуратов лично задушил митрополита Филиппа, отказавшегося благословить поход на Новгород. Опричное войско, согласно А.А. Зимину, насчитывало 15 тысяч человек в том числе 1500 стрельцов.
2 (12) января 1570 года передовые отряды во главе с В. Г. Зюзиным подошли к Новгороду и оцепили город заставами, опечатали казну в монастырях, церквях и частных домах, арестовали и поставили «на правёж» монахов, священников и видных новгородцев. 6 января у города появился сам Иван Грозный. 8 января, во время встречи опричного войска новгородским духовенством на Великом мосту через Волхов, царь обвинил в измене архиепископа Пимена. Последний был арестован и заключен в тюрьму. (Впоследствии опричный оруженосец Афанасий Вяземский был обвинен в том, что пытался предупредить Пимена об аресте, подвергнут торговой казни и сослан в Городецкий посад на Волгу, где и умер)
В Новгороде было казнено с применением различных пыток множество горожан, включая женщин и детей. Точный подсчёт жертв вёлся лишь на первых порах, когда Иван Грозный целенаправленно уничтожал местную знать и приказных, устроив суд в «Рюриковом городище» (было убито 211 помещиков и 137 членов их семей, 45 дьяков и приказных, столько же членов их семей). Среди убитых оказались: главные дьяки Новгорода К. Румянцев и А. Бессонов, боярин В. Д. Данилов, заведовавший пушечными делами, а также виднейший боярин Ф. Сырков, принимавший ранее участие в составлении «Великих Четьих-Миней» и построивший на свои средства несколько церквей (его сначала окунули в ледяную воду Волхова, а затем живьём сварили в котле). После этого царь начал объезжать новгородские монастыри, отбирая у них все богатства, а опричники осуществили общее нападение на новгородский посад (остававшийся до тех пор нетронутым), в ходе которого погибло неведомое количество людей. С храма св. Софии были сняты Васильевские ворота и перевезены в Александрову слободу.
Затем последовали казни, продолжавшиеся до 13 февраля. Было казнено с применением различных пыток множество горожан, включая женщин и детей. Число погибших неизвестно, современные учёные их считают от 4-5 (Р. Г. Скрынников) до 10-15 (В. Б. Кобрин) тысяч, при общем количестве населения Новгорода в 30 тысяч.
Точное число убитых в Новгородском погроме вызывает споры. Цифры, которые приводят современники, могут быть преувеличены и выше, чем число самого населения Новгорода (30 тысяч). Однако по всей Новгородской земле проживало гораздо больше людей, а террор не обязательно был ограничен непосредственно Новгородом.
Сохранилась запись царя в Синодике опальным из Кирилло-Белозерского монастыря: «По Малютинские ноугородцкие посылки (задания) отделано скончавшихся православных христиан тысяща четыреста девятьдесять человек, да из пищалей стрелянием пятнадцать человек, им же имена Сам Ты, Господи, веси». Запись основана, как полагают, на документальном отчете Скуратова.
Р. Г. Скрынников прибавил к этому числу поименно названных новгородцев и заключил, что в синодике перечислено 2170—2180 жертв новгородского погрома, при этом отметив, что донесения не могли быть полны и многие действовали «независимо от распоряжений Скуратова», и допустив общую цифру жертв в 4-5 тысяч.
В. Б. Кобрин считает эту цифру крайне заниженной, отмечая, что она исходит из предпосылки, что Скуратов был единственным или по крайней мере главным распорядителем убийств. Кобрин считает, что отряд Малюты был лишь одним из многих отрядов, и оценивает число погибших в 10-15 тысяч, при общем населении Новгорода в 30 тысяч. При этом убийства не были ограничены лишь самим городом. Кроме того следует отметить, что результатом уничтожения опричниками съестных запасов был голод (так что упоминается людоедство), сопровождавшийся свирепствовавшей в то время эпидемией чумы. В результате, по сообщениям летописи, во вскрытой в сентябре 1570 г. общей могиле, где погребали всплывших жертв Ивана Грозного, а также умерших от голода и болезней, насчитали 10 тысяч трупов. В. Б. Кобрин полагает, что эта могила не обязательно была единственным местом погребения погибших.
Из Новгорода Грозный отправился к Пскову. В Пскове царь собственноручно убил игумена Псково-Печерского монастыря Корнилия. Об убийстве преподобного рассказывает Третья Псковская летопись, упоминает Андрей Курбский, а также «Повесть о начале и основании Печерского монастыря» (конец XVI века), которая гласит: «От тленного сего жития земным царем предпослан к Небесному Царю в вечное жилище». В царском «синодике опальным» Корнилий был помечен первым в списке лиц, казненных во Пскове. Его слуги также убили старца Вассиана Муромцева (с которым прежде переписывался А. М. Курбский), двух городовых приказчиков, одного подьячего и 30-40 детей боярских.
Царь ограничился только казнью нескольких псковичей и грабежом их имущества. В то время, как гласит предание, Грозный гостил у одного псковского юродивого (некоего Николы Салоса). Когда пришло время обеда, Никола протянул Грозному кусок сырого мяса со словами: «На, съешь, ты же питаешься мясом человеческим», а после — грозил Ивану многими бедами, если тот не пощадит жителей. Грозный, ослушавшись, приказал снять колокола с одного псковского монастыря. В тот же час пал под царем его лучший конь, что произвело впечатление на Ивана. Царь поспешно покинул Псков и вернулся в Москву, где снова начались розыски и казни: искали сообщников новгородской измены.
